| 医薬・分子生物学 |
| TANPAKU - Folding@home - Genome@home - Distributed Folding - Xgrid@Stanford - Rosetta@home - Predictor@home - World Community Grid - FightAIDS@home - Find-a-Drug - CommunityTSC - Cure Multiple Sclerosis - D2OL - Virtual Laboratory - Parabon - Ubero - United Devices - cell computing（再始動） |
| 運営 | 東京理科大学 基礎工学部生物工学科山登研究室，理工学部情報科学科武田研究室 |
| プロジェクト内容 | 粒子のブラウン運動をシミュレートすることで、蛋白質の立体構造予測を行なう。（記述：2006-03-23） |
| 対応OS | boinc v4。boinc v5への対応は検討中。（記述：2006-03-23） |
| 備考 | 現在は「公開テスト」という位置付け。（記述：2006-03-23） 一般家庭と大学が連携 本学教員の「タンパク質の立体構造」解明プロジェクト開始 (2006-02-28 東京理科大学プレスリリース) |
| 運営 | スタンフォード大学 化学学科(Chemistry Department) パンデ氏のグループ |
| プロジェクト内容 | たんぱく質の折り畳み過程をコンピュータ上で再現 |
| 賞金 | 無し，分析の結果は広く一般に公開 |
| 形式 | スクリーンセーバー又はアプリケーションソフト |
| 対応OS | Windows,Linux,Solaris,MacOSX |
| 備考 | 既に折り畳む過程の動画の公開が始まっています。**v1時代のみで、現在では削除されているようです。（追記:2004.4.11） ページ・stats類（チーム機能・個人データ等）も含めシステムのかなりは、Ver1シリーズとVer2シリーズでは完全に別物になった模様。 Ver1シリーズはクライアントソフトのダウンロード不可に。（追記:2002.1.12） 旧Version(2.x)に互換性問題が発生。最新Versionへのバージョンアップを。（追記:2003.6.19） |
| 日本語での情報 | 当方の情報は古すぎるので、Folding @ Home 2.0 非公式日本語翻訳（Nightingale氏），Folding@Homeサイトの非公式日本語化ページ（kyw氏）をお薦めします。 ・分散コンピューティングによるタンパク質の謎解きに参加しよう (WIRED 2000.9.26) ・分散コンピューティングでタンパク質の「折り畳み」現象解明 (毎日Interactive 2002.10.23) |
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| 運営 | スタンフォード大学 化学学科(Chemistry Department)パンデ氏のグループ，folding@homeの姉妹プロジェクト |
| プロジェクト内容 | 細胞の中で働くタンパク質を形成することができる新しい遺伝子の設計 今まで自然界で発見されなかった新しいタンパク質(及び新しい遺伝子)を設計するために、遺伝子とタンパク質が作用する物理的・生物化学的な規則に基づいたコンピュータアルゴリズムを使い設計。 それらから出来たバーチャルgenome(遺伝子群,染色体)を、自然界で見いだされたgenomeと比較することで、どのように自然界のgenomeが進化したか，どのように自然界の遺伝子・タンパク質が作用するかへの更なる理解を得る。（記述:2001.5.2） 2004年3月10日で新WorkUnit配布停止。最後の解析結果受付は4月15日まで。 少ない予算で運営されてきたが、もう予算は無い。姉妹プロジェクトFolding@homeの資金は強固で今後も継続。 これまでの数年間で、タンパク質配列の巨大なデータベースを蓄積できた。そのデータベースは私達と世界中の多くの人々に、何年もの間、重要な科学的目的のために使われるでしょう。（Genome@home What's newより）（追記:2004.3.17） |
| 対応OS | Windows,Linux |
| 備考 | Version0.99クライアント完全停止へ。2003年5月1日workunit配布終了，5月5日以降はworkunit受け取り拒否。（記述:2003.4.16） |
| 日本語での情報 | ・分散コンピューティングでタンパク質とゲノムの関係を解明 (WIRED 2001.2.17) |
| 運営 | Hogue生命情報科学研究所，Samuel Lunenfeld調査研究所，シナイ山病院(Mount Sinai Hospital)，トロント大学生化学課 |
| プロジェクト内容 | たんぱく質の折り畳み。彼らの新しい蛋白質折畳みのアルゴリズムを試し、自然のたんぱく質を再現できるかを見る。（記述：2002.2.1） |
| 形式 | スクリーンセーバー(Windowsのみ)，アプリケーションソフト |
| 対応OS | Windows,Mac,Linux,Solaris,BeOS,IRIX,PS2Linux... |
| 備考 | これもintelがサポートしていました。 |
| 運営 | スタンフォード大学 分子細胞生理学研究科 |
| プロジェクト内容 | 生物学的センサーとして機能するG蛋白質共役型受容体の構造を理解するため、β（ベータ）2アドレナリン受容体の構造変化を模式化する。（記述：2006-01-21） |
| 対応OS | MacOSX。MacOSのXgridを使用。 |
| 日本語での情報 | ・ Xgrid@Stanford（日本語版）（井上さんのサイト上で、公式サイトの翻訳が多数公開されています。） |
| 運営 | ワシントン大学（シアトル） |
| プロジェクト内容 | たんぱく質の折り畳み予測。アミノ酸の連鎖が採用することができる、最も低いエネルギー構造物（＝最も安定していて、最も存在しそう）を見つけ出す。（記述：2005-09-30） |
| 対応OS | boincプラットフォームを使用。Windows,Mac,Linux,Solaris（記述：2005-09-30） |
| 備考 | 2005年9月時点では開発ベータ段階。グラフィックモードも無し。（記述：2005-09-30） |
| 運営 | Scripps研究所（非営利） |
| プロジェクト内容 | 「タンパク質関連の病気の重大な生物医学的な問題」への答えへの助けとなる、CASP（蛋白質立体構造予測コンテスト）実験環境で、タンパク質の構造を予測する、新しいアルゴリズムと方法をテスト・評価する。（記述：2004-06-12） |
| 対応OS | boincプラットフォームを使用。Windows，MacOSX，Linux，Solaris |
| 備考 | boincをインストール後、Settings - Attach to projectで、URLと、ユーザー登録時にメールで送られるIDを、boincのAccount Key欄に入力する必要が。 |
| 運営 | 報道ではIBMが立ち上げたと言われるWorld Community Grid |
| プロジェクト内容 | ・Human Proteome Folding Project：ヒトプロテオーム（ある細胞のゲノムの塩基配列が産生する全てのタンパク質）を作り上げるタンパク質を見いだす。 そのことによって、がん，HIV，SARS，マラリアのような病気への斬新で効果的な治療のために必要な理解・知力を、科学者が構築することができる。（記述：2004-11-21） |
| 対応OS | United Devicesのプラットフォームを使用。Windows98〜 現在ではboincに移行したためWindows，Linux（追記：2006-04-08） |
| 日本語での情報 | 米IBM、「社会貢献グリッド」でボランティアを募集(WIRED 2004-11-17)，MYCOM PCWeb，japan.internet.com |
| 運営 | オルソン研究室(オルソン博士の指揮の下にあるMolecular Graphics Laboratory)とEntropia社の共同という形だったが、2003年5月、Entropia社は、FightAIDS@HomeプロジェクトをScripps研究所（非営利）に移管。 |
| プロジェクト内容 | 進化するHIVウィルスの詳細なモデルに対して、何百万もの候補の薬化合物を(あなたの)コンピュータ上でテストする：2003年5月21日付で終了を表明。TL-3が、現在認可されているHIVプロテアーゼ阻害剤から生じた薬剤耐性株に対して有望であることを示された。（追記：2003.5.20） フェーズ2ではHIVの耐性の突然変異を避ける最適な薬の特性を探す。（記述：2003.5.20）：フェーズ2がスタート。もしサーバと接続できない場合は、クライアントを一度終了させてから再度FightAIDS@home3.3を起動へ（記述：2003.7.3） |
| 対応OS | Windows98〜 となっていますがWin98では動作しないという声が当方を含めて複数存在。Win2000での動作は確認。 現在ではboincに移行したためWindows，Linux（追記：2006-04-08） |
| 備考 | Entropia社による運営であったが、2003年5月、FightAIDS@HomeプロジェクトはScripps研究所に移管。決して商業目的に参加者のコンピュータを使わないと記載。（記述：2003.5.20） World Community Gridへ移行。Entropiaのクライアントからの移行をユーザーに呼びかけています。（追記：2005-11-27） |
| 日本語での情報 | Team2ch@FAAHにて、セットアップ手順・ヘルプの日本語訳が公開されています。 ・エイズ治療薬研究に一役買うボランティアP2Pコンピューティング (IDG.co.jp 2001.7.13 既にページはありませんがWebArchiveで閲覧可能) ・使われていないPCのリソースでAIDS研究を - FightAIDS@Homeが第1段階終了 (MYCOM PCWeb 2003.5.20) |
| 運営 | UDのTHINKソフトウェアを作ったというTreweren Consultants社 |
| プロジェクト内容 | 新しい薬を見いだす。 UD・オックスフォード大の後継プロジェクトとして、最新のTHINKソフトウェアを使い、もっと多くの蛋白質でがん。2002年以降HIVの発展を抑制する可能性を持っている分子を探す。副プロジェクトとして副作用の予測と蛋白質抑制剤の例を提供するために、相互作用している分子のデータベースを作るプロテオーム解析。環境に良い除草剤と殺虫剤，細菌兵器解毒剤。（記述：2002.4.21） 現在ベータテストとして、同一の蛋白質で解析アルゴリズムを何度もテストしている段階。（追記：2002.7.6） がんとプロテオーム解析がスタート。（追記：2002.8.7） Human Double Minute 2 (HDM2) bound to p53 - p53腫瘍抑制タンパク質は、がん腫瘍の細胞増殖を統制します。p53にHDM2が付着すると、柔らかい肉腫組織でp53の行動を抑制することが発見されました。HDM2へ付着することができる小さな分子が、p53の潜在性を利用可能にすれば、がん細胞を殺すか成長を止め、新しいがん治療を提供できるかも知れません。その小さな分子を探します。（追記：2004.4.17） 生物兵器によるテロへの解毒剤を探すプロジェクトもスタート。病気の進展に重大な役割を演ずる蛋白質Yersinia tyrosine phosphatase (1LYV)の行動を抑制する小分子を探す。（追記：2002.10.16） 多発性硬化症スタート。タンパク質に結び付くことができる小さな分子を見つけだす。解析結果は、現在オックスフォード大病理学科に滞在しているペンシルバニア大Ramachandran Murali博士が入手可能であるようにしている。（追記：2003.5.7） 1EFY-Q1 - PARP(Poly (ADP-Ribose) Polymerase) - PARPは、神経変性疾患において、役割を演ずると考えられている。炎症性神経細胞障害を引き起こす主要な原因の１つが、小神経膠細胞を活性免疫効果器細胞に形質転換し、それらが障害の部位に向かって移行し、大量の有毒なサイトカインと酸素ラジカルを作り出す。PARP は特定のタンパク質の生成を調節する。PARPはDNA鎖損傷の修復を容易にし、また、耐性が生じる場合、その阻害は放射線療法と化学療法をより効果的にするかもしれない。（多分）（追記：2004.3.2） SARSプロジェクト開始（Respiratory Diseases扱い）。コロナウイルス重合タンパク質と，全く異なった他のウイルスと，人間の蛋白質で、重要な酵素であるタンパク質分解酵素の活動部位に結びつく可能性のある分子を数週間で何億個も試す（多分）。結果は世界中で認められた研究グループに入手可能であるようにする予定。結核・慢性気管支炎もスタートへ。（追記：2003.5.6） SARSの主なプロテアーゼ（蛋白質分解酵素）の3D構造は、まだ実験によっては決定されていませんが、他のコロナウイルスに類似していることを示唆する証拠があるので、このプロジェクトでは胃腸炎を起こすコロナウイルス構造を選択(1LVO-Q4)。この酵素の触媒または活性部位は、タンパク質の標準的な機能に欠くことができないと考えられるシステインとヒスチジンの残留物を含む。これらの残留物の少なくとも１つと相互作用する小さい分子抑制剤を探す。クライアントソフトはVer1.21k以降でないと正式に対応していない恐れあり。（追記：2003.5.7） SARSウイルスのプロテイナーゼ（ペプチダーゼ系以外のプロテアーゼ）の3D構造がHilgenfeld教授（リューベック大）によってもたらされたので、SARS 2ndプロジェクトとして使用（1P9T-Q3）開始。この作業により得られるHitは、Hilgenfeld教授のグループにとって利用可能にし、そしてHilgenfeld教授は蛋白質部位への結合を確認しようと試みる。（追記：2003.5.30） HIV（エイズウイルス）プロジェクト開始。HIV感染には、HIVの表面にある外皮糖蛋白質gp120と人間のCD4が相互作用する必要がある。gp120蛋白質に結びつき、CD4と結びつくのをブロックする小さな分子を見つけだす。（追記：2003.7.12） CJD（クロイツフェルト・ヤコブ病）プロジェクト開始。シェフィールド大学化学部Beining Chen博士と協力。 Prion Protein 1QM3-Q3 - クロイツフェルト・ヤコブ病は、脳の重大なタンパク質の折りたたみ異常(misfolding)と関連づけられます。その結果、脳は次第に機能を損ないます。misfoldingを促進する、この病気は、小量のプリオン蛋白質の存在によって引き起こされると考えられています。プリオン蛋白質に結び付く分子が、他のタンパク質と相互に作用して、misfoldingを阻止する可能性があります。また、病気の発展を止める治療の可能性を持っています。そのような分子を探します。（追記：2005-04-16） ** 個々のターゲットとなる蛋白質の更新が激しく、掲載中の内容が既に終了した内容であることが多々あることをご了承ください。 |
| 対応OS | Windows，Linux |
| 備考 | マイルストーン（記念となる記録）入りのメンバー証明書サービス開始。例１。国立健康研究所(National Institute of Health)によるテストで、望ましい特性を示した分子を見つけた場合は、そのJob名入りのものが。例２（発見できたtakutoさんのもの）（追記：2003.6.26） 5億以上の分子から選り出した39個の分子を米国立がん研究所(National Cancer Institute)でテストした結果、7つが望ましい抗がん特性を示したと発表(2003-06-30)。海外での報道：Grid Computing Planet(2003-07-08)，Monthly Virtual Medical World(2003-07-01)（追記：2003.9.3） |
| 日本語での情報 | ・Find-a-Drug FAQ 日本語訳 グリッドコンピューティング紹介管理人さんによる翻訳・制作・公開。 ・分散コンピューティングが抗ガン研究に貢献(CNET 2003-11-14) |
| 運営 | Rothberg研究所（結節性硬化症の子供達の苦しみを治療する方法を見いだすことを専門にする非営利組織） |
| プロジェクト内容 | 結節性硬化症の治療薬を見いだす。（記述：2002.3.8） |
| 賞金 | 100万ドル（1$=125円で1億2500万円）の賞金を予定しているが詳細は未定。 |
| 形式 | タスクトレイ常駐型，アプリケーション（Sengent社のシステムを使用） |
| 対応OS | Windows98〜，MacOSX，Linux，Solaris |
| 備考 | Windows版clientソフトの一部で運営サーバ側と過度の転送が行われる問題が発生し、自動アップデート機能も使えないため、再度１からダウンロードしインストールするか、必要なファイルを加えて指示通りにアップデートをして欲しいとの発表が。（記述：2002.7.20） |
| 日本語での情報 |
D2OL/CommunityTSC FAQ 日本語訳 （意訳あり） グリッドコンピューティング紹介管理人さんによる翻訳・制作・公開。 |
| 運営 | 個人の集団の模様 |
| プロジェクト内容 | 多発性硬化症の治療のために薬の候補を見いだす。 最初は、マウスでは活動抑制に有効だが人には有効でないインターフェロン-ガンマのレセプタ部位と結び付く小分子（配位子）を探す。（記述:2002.4.18） |
| 対応OS | Windowsの模様。 |
| 運営 | かつてはSengent社ですが、現在Rothberg研究所による |
| プロジェクト内容 | 炭疽菌やその他の致命的な細菌兵器を効率的に打ち消す経口で利用可能な薬の識別。 まずは炭疽菌から。D2OLにより既に絞り込まれた、見込みの高い，容易に変性できる現存する薬の変異体を、本当の化合物に対してテストする。（記述：2001.11.27） 現在では天然痘も開始。将来的には（もしかしたら既に）エボラ出血熱・肺ペスト・主要な5つのボツリヌス菌も。（追記：2002.3.9） SARS（新型肺炎：重症急性呼吸器症候群）へ化合物をテストするプロジェクトを表明。3つの周知のコロナウイルス群から50〜60%ずつ分岐するSARSに対し、コロナウイルス間の変化のため、人と動物種の間で高い保全を持つ1つのコロナウイルス蛋白質をターゲットにすることで、全ての種族で同じ官能性と活動部位を持つと予想され、全てのコロナウイルス種に対して広範囲の活性を持つ化合物を選抜し、人に有益な可能性を確証するため病気の細胞と動物のモデルで信頼できる「hit」をテストする。（多分）：まだスタートは確認できず（追記：2003.4.10）：数ヶ月先と表明（追記：2003.4.11）：プロジェクト開始（スクリーンショット）（追記：2003.5.2） |
| 賞金 | 最も良い手がかりとなる結果には25000ドル(1$:120円で300万円)の賞金が。（記述：2001.11.28） |
| 形式 | タスクトレイ常駐型，アプリケーション |
| 対応OS | Windows98〜，MacOSX，Linux，Solaris |
| 備考 | Windows版clientソフトの一部で運営サーバ側と過度の転送が行われる問題が発生し、自動アップデート機能も使えないため、再度１からダウンロードしインストールするか、必要なファイルを加えて指示通りにアップデートをして欲しいとの発表が。（記述：2002.7.20） |
| 日本語での情報 |
D2OL/CommunityTSC FAQ 日本語訳 （意訳あり） グリッドコンピューティング紹介管理人さんによる翻訳・制作・公開。 ・分散コンピューティングで対生物テロ薬を開発 (毎日Interactive 2001.11.30) ・Sengent、サンの協力を得て生物兵器に対する医薬品の開発を促進へ (日本のSunMicrosystems社のプレスリリース 2001.12.17) |
| 運営 | ヴィクトリア州立モナシュ大学コンピュータ科学・ソフトウェア工学校内 （オーストラリア） |
| プロジェクト内容 | 薬の設計において、可能性があるものを識別するために、化学データバンクから何百万という化合物を調査・診断する。（記述:2002.3.26） |
| 形式 | グリッド標準ソフトGlobusをセットアップした上、WorldWideGridに自分のコンピュータを利用可能にし、このプロジェクトのクライアントソフトNimrod-Gを走らせる。（自信なし） |
| 対応OS | Linux他UNIX系 |
| 運営 | パラボン・コンピュテーション社 |
| プロジェクト内容 | 化学療法の副作用緩和シミュレーション，癌細胞の構造と行動の調査(タンパク質の連続比較??)。将来的にはメリーランド大学と共同でタンパク質の折りたたみ構造の分析 ・Amarillo Biosciences社からの依頼で、線維筋痛症候群治療のためのインターフェロン（ウイルス抑制作用を持つ糖たんぱく質）アルファの第２段階医療実験結果の分析：３日間で終了した模様。 |
| 賞金 | 将来的には支払いへ ここ数ヶ月は、毎日誰かに100$，毎月誰かに1000$。（追記:2001.9.1） |
| 形式 | スクリーンセーバーに近い |
| 対応OS | Windows,Linux |
| 運営 | Ubero社 |
| プロジェクト内容 | まずは、色々な有機体で類似のアミノ酸の連続を探す非営利プロジェクト（カリフォルニア大学アーバイン校 ゲノミックス・生命情報科学研究所のために行うとのこと）（記述:2001.9.11） 次のプロジェクトとしてネットワーク上のロードテストを計画。 |
| 賞金 | 商業プロジェクトには将来的にはPayPalで支払う模様 |
| 対応OS | Windows,Linux,Solaris,Java,MacOSX |
| 備考 | JRE（Javaのランタイム環境モジュール）が必要 |
